A técnica de CGH (Comparative Genomic Hibridization) é capaz de identificar até 750 mil sequências de DNA em uma única reação. Porém, essa técnica também apresenta suas limitações, sendo que não consegue identificar:
Ganho de material genético
Perda de material genético
Alteração não-equilibrada do material genético
Alteração equilibrada do material genético
Alteração da quantidade de material genético
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